Die molekularbiologischen Fortschritte des 20. Jahrhunderts haben dazu geführt, dass das Gen als chemischer Stoff fassbar ist. Wie diese "Erkenntnisse der Molekularbiologie in die Konzepte der Evolution einfließen" (Vorwort) und Stammesgeschichte erschließen ist Thema vorliegender Publikation. Behandelt werden auch die bioinformatischen Grundlagen, die heute für eine phylogenetische Analyse notwendig sind. Das Buch wendet sich an Biologiestudenten und ist für Bibliotheken an Standorten mit Hochschulen einschlägiger Fachgebiete möglich.
/ AUS DEM INHALT: / / /
1 Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation: Nukleotide und DNA 2
1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 16
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und . . . ? 20
1.6 Molekulare Besonderheiten 25
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 30
1.8 Leseempfehlungen 39
2 Evolution, Taxonomie und Phylogenetik 41
2.1 Evolution 42
2.2 Taxonomie 47
2.3 Phylogenetik 52
2.4 Molekulare Phylogenetik 64
2.5 Vom Alignment zum Stammbaum - phylogenetische Methoden in der Übersicht 70
2.6 Leseempfehlungen 72
3 Datenbanken, Sequenzen, Software
3.1 Die Datenbanken für molekulare Sequenzdaten
3.2 Datenbankeinträge: Textbasiertes Suchen und Dateiformate
3.3 Suche nach Sequenzähnlichkeiten
3.4 Sequenzverwaltung und Alignments
3.5 Integrierte Programmpakete zur molekularen Phylogenetik
3.6 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen
3.7 Graphische Darstellung von Bäumen
3.8 Darstellung von Alignments
3.9 Leseempfehlungen
4 Ein schneller Weg zum Stammbaum
4.1 Auf die Bäume mit MEGA und PAUP*
4.2 Der Einstieg mit MEGA
4.3 Arbeiten mit PAUP* unter Windows
4.4 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum
4.5 Leseempfehlungen
5 Parsimonieanalyse
5.1 Das Parsimonieprinzip
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über Parsimonie
5.3 Auf Baumsuche
5.4 Die Messung von Homoplasie 159
5.5 Leseempfehlungen 160
6 Distanzverfahren 161
6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein 162
6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen 164
6.3 Zwischen Substitutionsmodellen wählen 176
6.4 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren 179
6.5 Bäume aus Distanzen II: C/i/stenngi-Methoden 183
6.6 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP* 185
6.7 Leseempfehlungen 188
7 Maximum Likelihood 189
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 190
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 192
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum? 203
7.4 ML und Batch Files in PAUP* 204
7.5 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht 208
7.6 Leseempfehlungen 210
8 Bayesianische Statistik 211
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 212
8.2 Bayesianische Statistik - die Hintergründe 217
8.3 Leseempfehlungen 224
9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden 225
9.1 Evaluation von Stammbäumen 226
9.2 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden 232
9.3 Unterschiede zwischen den Methoden: Praxisbeispiel 240
9.4 Leseempfehlungen 242
10 Taxa, Loci, Zeiten und neue Konzepte 243
10.1 Loci, Taxa und die Probleme 244
10.2 Zeiten, neuere Konzepte und weitere Software 251
10.3 Molekulare Daten zu alten und neuen Kladen 262
10.4 Genome in Bewegung 268
10.5 Gene, die wirklich Unterschiede machen: Hox, MADS etc. 274
10.6 Leseempfehlungen 276
Literatur 277
Glossar 285
Index 299