Eigentlich hieß der Naturforscher nicht Oken, sondern Okenfuß; "um den Spöttereien über den ganzen auszuweichen", verkürzte Oken seinen Namen. Der Bauernsohn studierte in Freiburg Medizin und wechselte später nach Göttingen, um sich dort zu habilitieren, was 1805 erfolgte. 1807 wurde Oken als ausserordentlicher Professor für Medizin nach Jena berufen. Der Wissenschaftler hatte freilich längst seine Vorliebe für die Philosophie und die Naturwissenschaften entdeckt und veröffentlichte in den folgenden Jahren eine ganze Reihe naturphilosophischer und naturgeschichtlicher Arbeiten, so 1802 die Übersicht des Grundrisses des Systems der Naturphilosophie im Geist der Naturphilosophie Schellings, dem zahlreiche weitere Beiträge mit der Ausarbeitung des eigenen naturphilosophischen Standpunktes folgten. 1805 habilitierte sich Oken nach kurzem Studienaufenthalt in Würzburg, wo er bei Ignaz Döllinger physiologische und bei Schelling philosophische Vorlesungen besuchte, an der Göttinger Universität. In diese Zeit fallen seine Studien zur Entwicklung des Darms beim Hühnerembryo. 1807 kam er durch Fürsprache Goethes zur Berufung als a. o. Professor der Medizin nach Jena. 1816 gab Oken auch erstmals die Zeitschrift "Isis" heraus, die bis 1848 erscheinen und Anlass zahlreicher Kontroversen werden sollte. Oken wollte die Zeitschrift als Forum für alle Wissenschaften (mit den Ausnahmen Theologie und Jurisprudenz) etablieren und legte in ihr auch seine politischen Anschauungen offen. Von verschiedenen Seiten wurde ein Verbot der Zeitschrift gefordert. Oken scheute sich nicht, den reaktionären Kräften in Weimar offen seine Meinung zu sagen. Auf dem Wartburgfest am 18. und 19. Oktober 1817 forderte er die Auflösung der Landsmannschaften. Aus diesem Anlass kam es zu einem grossen Konflikt mit dem Staat Weimar und er wurde inhaftiert und beinahe zu Festungshaft verurteilt. Die Zeitschrift "Isis" wurde in Jena verboten und 1819 kam es zur Entlassung Okens aus dem Lehramt. Im Vergleich zu anderen Professoren, die die Burschenschaften unterstützten, blieb er nach dem Wartburgfest weiterhin politisch aktiv. Nach einem kurzzeitigen Baseler Engagement im Wintersemester 1821/22 lebte Oken als Privatmann und Herausgeber seiner nach Leipzig verlegten Zeitschrift bis 1827 in München. 1822 gründete er, angeregt durch die Jahresversammlung der 1815 entstandenen Schweizerischen Naturforschenden Gesellschaft in Bern, die noch heute aktive Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte - ein Vorbild für die Einrichtung ähnlicher Gesellschaften in vielen anderen Ländern (England, Frankreich, Italien).1827 wurde er zum ordentlichen Professor für Physiologie an die Universität in München berufen. Doch der streitbare Wissenschaftler verwickelte sich auch in München in zahlreiche Dispute und musste 1832 abermals seine Stellung aufgeben.Die Stelle als ordentlicher Professor der Naturgeschichte, Naturphilosophie und Physiologie an der neugegründeten Universität in Zürich, die ihm 1833 angetragen wurde, bekleidete er bis zu seinem Tod. Okens Forschungen erstreckten sich über alle Bereiche der Natur und waren mit zahlreichen neuen Beobachtungen in der Anatomie, Physiologie und Zoologie verbunden, galten aber vor allem der Naturphilosophie. Den Naturwissenschaften wurde von Oken ein hoher Bildungswert zugesprochen. Natur und Geist seien ursprünglich identisch, Leben besitze Geltung für die gesamte Natur, Entwicklung dürfe aber nicht als stammesgeschichtliche Abstimmung verstanden werden.