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Kondylis folgte in seiner Dissertation trotz einiger sachlicher Übernahmen kaum den Positionen Henrichs, sondern argumentiert ausgehend von den Positionen seines nächsten veröffentlichten Werkes, Die Aufklärung im Rahmen des neuzeitlichen Rationalismus (1981), in der er eine neue Deutung der Aufklärungsepoche gab, die mit besonderem Nachdruck den polemischen Charakter der Philosophie im allgemeinen und der Aufklärungsphilosophie im besonderen herausarbeitete. Danach entsteht ein philosophisches Weltbild wie der Aufklärungsrationalismus aus der polemischen Entgegensetzung gegen ein ihm voraufgehendes Weltbild wie in diesem Fall den cartesianischen Rationalismus. Aus dieser Entgegensetzung, und nicht so sehr aus der Logik einer Entwicklung der Sache selbst, lassen sich nach Kondylis alle begrifflichen Grundentscheidungen der Aufklärungsepoche verstehen.Die intellektuelle Brillanz und vollkommene Beherrschung der relevanten Primär- und Sekundärliteratur, verbunden mit wohlkalkulierten Verstößen gegen einige akademische Gepflogenheiten, machte das Aufklärungsbuch zu einem Geheimtipp unter Intellektuellen, unter anderem auch unter Rechtsintellektuellen in der Nachfolge Carl Schmitts (Armin Mohler u.a.). Inzwischen gilt das Buch, das wohl meist ohne Kenntnis der philosophischen Standortbestimmung Kondylis' benutzt wird, als Standard- und Nachschlagewerk. Insbesondere Kondylis' Differenzierung zwischen dem sensualistischen Rationalismus der Aufklärung und dem intellektualistischen Rationalismus der Descartes-Ära hat sich weithin durchgesetzt. Die neuzeitliche Metaphysikkritik (1990) ist gewissermaßen das Aufklärungsbuch in neuer Gestalt. Deutlicher als dort wird hier, wie stark Kondylis' sachliche Ausführungen von Ernst Cassirer beeinflusst sind, dessen Wertungen Kondylis zwar nicht übernimmt, dessen inhaltlicher Disposition und Thesen er aber trotzdem bis ins einzelne folgt.